Năm 1990, Fukuda có được một ghế trong Hạ nghị viện Nhật Bản. Năm 1997, ông được bầu vào chức phó chủ tịch Đảng Dân chủ Tự do (LDP) và trở thành tổng thư ký nội các dưới thời Yoshiro Mori vào tháng 10 năm 2000. Ông xin thôi chức tổng thư ký nội các vào ngày 7 tháng 5 năm 2004 do vụ scandal về chính trị liên quan đến hệ thống trợ cấp của Nhật.

Fukuda được xem là một ứng cử viên cho vị trí lãnh đạo đảng LDP năm 2006, nhưng ngày 21 tháng 7 ông quyết định không tham gia ứng cử. Thay vào đó, Shinzo Abe chiến thắng trước Junichiro Koizumi để trở thành lãnh đạo đảng LDP và Thủ tướng Nhật Bản.